fix_bibliography.py

import os
from collections import OrderedDict
 
 
# Function to read line and then replace words based on what is in the dictionary ###
def replace_all(text, dic):
    for i, j in dic.iteritems():
        text = text.replace(i, j)
    return text
 
reps = OrderedDict()
 
reps.update({'Calanus finmarchicus':'\\textit{Calanus finmarchicus}'})
reps.update({'C. finmarchicus':'\\textit{C. finmarchicus}'})
reps.update({'Calanus helgolandicus':'\\textit{Calanus helgolandicus}'})
reps.update({'Calanus euxinus':'\\textit{Calanus euxinus}'})
reps.update({'C. euxinus':'\\textit{C. euxinus}'})
reps.update({'Calanus glacialis':'\\textit{Calanus glacialis}'})
reps.update({'Calanus pacificus':'\\textit{Calanus pacificus}'})
reps.update({'Calanus marshallae':'\\textit{Calanus marshallae}'})
reps.update({'C. helgolandicus':'\\textit{C. helgolandicus}'})
reps.update({' Calanus':' \\textit{Calanus}'})
reps.update({' Neocalanus':' \\textit{Neocalanus}'})
reps.update({'Bamstedt':'B\\aa{}mstedt'})
reps.update({'Bagoien':'Bag\o{}ien'})
reps.update({'Eurytemora affinis':'\\textit{Eurytemora affinis}'})
reps.update({'Metridia':'\\textit{Metridia}'})
reps.update({'Calanoides carinatus':'\\textit{Calanoides carinatus}'})
reps.update({'C. glacialis':'\\textit{C. glacialis}'})
reps.update({'C. hyperboreus':'\\textit{C. hyperboreus}'})
reps.update({'Pseudocalanus elongatus':'\\textit{Pseudocalanus elongatus}'})
reps.update({'Oithona similis':'\\textit{Oithona similis}'})
 
reps.update({'Acartia tonsa':'\\textit{Acartia tonsa}'})
reps.update({'Temora longicornis':'\\textit{Temora longicornis}'})
reps.update({'Acartia bifilosa':'\\textit{Acartia bifilosa}'})
reps.update({'Pseudocalanus newmani':'\\textit{Pseudocalanus newmani}'})
reps.update({'Moller':'M\\o{}ller'})
reps.update({'degreeN':'\\textdegree'})
reps.update({'Acartia sinjiensis':'\\textit{Acartia sinjiensis}'})
reps.update({'Pseudodiaptomus pelagicus':'\\textit{Pseudodiaptomus pelagicus}'})
reps.update({'Calanoides acutus':'\\textit{Calanoides acutus}'})
reps.update({'Acartia clausi hudsonica':'\\textit{Acartia clausi hudsonica}'})
 
reps.update({'Pseudocalanus elongatus':'\\textit{Pseudocalanus elongatus}'})
reps.update({'Hjollo':'Hj\\o{}llo'})
reps.update({'Ostroke':'\\O{}'})
reps.update({"Alvarez":"\\'{A}lvarez"})
reps.update({"Marques":"Marqu\\'{e}s"})
reps.update({"13C":"$^{13}$C"})
reps.update({'Ingvarsdottir':'Ingvarsd\\o{}ttir'})
reps.update({'Jonasdottir':'J\\o{}nasd\\o{}ttir'})
reps.update({'Jorgensen':'J\\o{}rgensen'})
reps.update({'Soreide':'S\\o{}reide'})
reps.update({'Kiorboe':'Ki\\o{}rboe'})
 
 
reps.update({'Biddulphia sinensis':'\\textit{Biddulphia sinensis}'})
reps.update({'Epinephelus marginatus':'\\textit{Epinephelus marginatus}'})
 
reps.update({'Calanus and':'\\textit{Calanus} and'})
reps.update({'Calanus the':'\\textit{Calanus} the'})
reps.update({'on Arcatia':'on \\textit{Arcatia}'})
reps.update({'Nygard':'Nyg\\aa{}rd'})
reps.update({'Centropages typicus':'\\textit{Centropages typicus}'})
reps.update({'Belehradek':"Belehr\\'{a}dek"})
 
 
 
f1 = open('rawBibliography.bib', 'r')
f2 = open('Bibliography.bib', 'w')
for line in f1:
    if "@article" not in line:
 
        if line.startswith("doi") or line.startswith("issn") or line.startswith("month") or line.startswith("url"):
            z = 1
        else:
            line = replace_all(line, reps)
            f2.write(line)
    else:
        f2.write(line)
 
 
print "Bibliography corrected"