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sacha schutz dridk

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@dridk
dridk / dspy_extract_maladie.py
Created July 6, 2025 19:39
dspy extraction concepte médicaux avec contexte
import dspy
from pydantic import BaseModel, Field
lm = dspy.LM("ollama_chat/deepseek-r1:14b", api_base="http://localhost:11434", api_key="")
dspy.configure(lm=lm)
class Maladie(BaseModel):
"""
Une maladie associé à son contexte.
Si la maladie est dans une négation ou dans un antécédant familliale.
@dridk
dridk / smt_adicap.py
Created June 28, 2025 12:23
extraction des code ADICAP depuis un fichier RDF dans un fichier parquet
import rdflib
import polars
# Chargement de la terminologie
g = rdflib.Graph()
g.parse("adicap.rdf")
# Requete SPARQL pour récupérer les variables d'interets
query = """
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
@dridk
dridk / smt_atc.py
Created June 28, 2025 12:22
extraction des code ATC depuis un fichier RDF dans un fichier parquet
import rdflib
import polars
# Chargement de la terminologie
g = rdflib.Graph()
g.parse("atc.rdf")
# Requete SPARQL pour récupérer les variables d'interets
query = """
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
@dridk
dridk / smt_ccam.py
Created June 28, 2025 12:19
extraction des code CCAM depuis un fichier RDF dans un fichier parquet
import rdflib
import polars
# Chargement de la terminologie
g = rdflib.Graph()
g.parse("ccam.rdf")
# Requete SPARQL pour récupérer les variables d'interets
query = """
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
@dridk
dridk / smt_cim10.py
Created June 28, 2025 12:15
extraction des code CIM10 depuis un fichier RDF dans un fichier parquet
import rdflib
import polars
# Chargement de la terminologie
g = rdflib.Graph()
g.parse("cim10.rdf")
# Requete SPARQL pour récupérer les variables d'interets
query = """
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
@dridk
dridk / language.toml
Created October 15, 2023 20:31
helix language
[[language]]
name = "python"
roots = ["pyproject.toml", "setup.py", "Poetry.lock", ".git"]
language-server = { command = "pyright-langserver", args = ["--stdio"] }
auto-format = true
formatter = {command = 'black', args = ["--quiet", "-"]}
config = ""
@dridk
dridk / helix.yaml
Created October 15, 2023 20:30
helix.yaml
theme="onedark"
[editor]
true-color=true
cursorline=true
mouse= true
bufferline="multiple"
[keys.insert]
C-c="normal_mode"
@dridk
dridk / init.lua
Last active October 5, 2023 23:08
my nvim
-- MAP KEY
-- CONFIGURATION
vim.opt.number = true
vim.cmd [[colorscheme slate]]
use vcf::{VCFReader,VCFRecord};
use std::fs::File;
use std::fs::remove_file;
use std::io::BufReader;
use std::str::from_utf8;
use duckdb::{params, Connection};
vim.opt.number = true
vim.opt.mouse = 'a'
vim.opt.ignorecase = true
vim.opt.hlsearch = false
vim.opt.tabstop = 2
vim.opt.shiftwidth = 2
vim.opt.expandtab = true
vim.opt.termguicolors = true